機組控制器是一種用于控制柴油發電機組運行的設備，自啟動和全自動是兩種不同的運行模式。具體區別如下：
1. 自啟動模式：在自啟動模式下，機組控制器只能在接收到外部啟動信號后才能啟動柴油發電機組。這種模式適用于需要手動控制發電機組啟動的場合，如緊急備用電源時。
2. 全自動模式：在全自動模式下，機組控制器可以根據需要自動啟動柴油發電機組，并實現自動切換。這種模式適用于需要自動控制發電機組啟動的場合，如自動備用電源時。
總之，自啟動模式下機組控制器需要外部啟動信號才能啟動發電機組，而全自動模式下機組控制器可以根據需要自動啟動發電機組，實現自動切換。需要根據實際情況選擇適合的運行模式。